Od czerwca 1947r. do czerwca 1957r. funkcję tę pełnił Prof. dr hab. med. B. Michałowski. Następnie - od 26 sierpnia 1957r. do 12 października 1962r. - Prof. dr hab. med. Ksawery Rowiński, a od 12 października 1962r. do 14 kwietnia 1970r. - Prof. dr hab. med. Włodzimierz Kuryłowicz. Od 15 kwietnia 1970 r. do 12 maja 1977r. funkcję Prezesa Fundacji piastował Prof. dr hab. med. Artur Czyżyk, a od 12 maja 1977r. z roczną przerwą na urlop naukowy do 11 września 2001r. (do dnia swojej śmierci) funkcja ta została powierzona śp. Pan Prof. dr hab. med. Witoldowi Rudowskiemu (już od 1970r. Profesor zasiadał w Radzie Fundacyjnej jako przedstawiciel Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej).

Od 10 grudnia 2002r. funkcję tę pełnił Pan Prof. dr hab. med. Alfred Jerzy Meissner - Kierownik Kliniki Chirurgicznej Instytutu Hematologii i Transfuzjologii w Warszawie ds. Klinicznych.
W dniu 22 czerwca 2010 roku został odwołany decyzją Ministra Zdrowia a funkcję tę przejął nowopowołany Prof. dr hab. med. Jerzy Woy-Wojciechowski.

Od 1975r. funkcję tę pełnił Pan Prof. dr hab. med. Mieczysław Janowiec - b. vice Dyrektor Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie, a następnie kierownik Zakładu Mikrobiologii tego Instytutu.
Dnia 10 maja 2005r. w związku z rezygnacją Prof. dr hab. med. M.Janowca powołany został na to stanowisko przez Radę Fundacyjną Pan Prof. dr hab. med. Edward Towpik. z Kliniki Nowotworów Piersi i Chirurgii Rekonstrukcyjnej, który został wybrany w skład Rady Fundacyjnej w miejsce Przewodniczącego Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Onkologicznego, nie mogącego pełnić funkcji Członka Rady Fundacyjnej ze względu na nadmiar obowiązków.

Od 18 listopada 1987r. aż do swojej śmierci w dn. 18 lutego 2005r. funkcję tę pełnił nieprzerwanie Pan Prof. dr hab. med. Andrzej Hliniak - b. Prezes Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Onkologicznego i kierownik Zakładu Teleradioterapii Centrum Onkologii w Warszawie.
Od 26 kwietnia 2005r. na stanowisko to powołany został uchwałą Rady Fundacyjnej Dyrektor Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie Pan Prof. dr hab. med. Kazimierz Roszkowski-Śliż.

Wszyscy członkowie Rady sprawują swoje funkcje honorowo i nieodpłatnie.

Poza organem zarządzającym jakim jest Rada Fundacyjna, Fundacja posiada w miejscu swojej siedziby biuro, które zajmuje się obsługą administracyjno-księgowych i organizacyjnych spraw związanych z codzienną działalnością Fundacji.

W myśl postanowień art. 20 statutu Fundacji im. Jakuba hr. Potockiego powołano w okresie powojennym na stanowisko dyrektora Fundacji mgr Stanisława Popielarskiego, który pełnił tę funkcję do czasu uzyskania uprawnień dyplomowanego biegłego księgowego, po czym powierzono mu w Fundacji obowiązki Głównego Księgowego, określone w wydanej instrukcji.
Funkcję Głównego Księgowego Pan mgr St. Popielarski pełnił od roku 1958 aż do swojej śmierci w dniu 1 marca 2004r.

Obecny zespół ds. obsługi spraw budżetowych i finansowo-rachunkowych oraz gospodarczych i administracyjno-organizacyjnych Fundacji stanowią:

W celu sprawowania zarządu majątkami Fundacji im. Jakuba hr. Potockiego we Francji powołany został Pełnomocnik Fundacji.

Funkcję tę sprawował nieodpłatnie Dyrektor Generalny Banku Polska Kasa Opieki S.A. w Paryżu, gdzie Fundacja lokowała swoje środki finansowe. Obecnie, w związku z restrukturyzacją Banku PKO S.A. Paris zaistniała konieczność ustanowienia nowego pełnomocnika, którym powołana została Pani Grażyna Toulze - Polka, zamieszkała w Paryżu, od wielu lat pomagająca poprzedniemu pełnomocnikowi w prowadzeniu spraw Fundacji we Francji.

Poza tym Fundacja zatrudnia we Francji francuskiego audytora finansowego, francuskiego fiskalistę oraz w miarę potrzeby inne osoby wykonujące jednorazowe usługi (np. adwokatów, tłumaczy, czy ostatnio architektów i robotników wykonujących remonty nieruchomości).